Автоматизация  выдачи в электронном формате лицензии на экспорт/импорт специфических товаров, выдаваемых Министерством экономики и финансов КР, является частью модернизации ИСЕО. В настоящее время, в рамках модернизации ИСЕО произведена автоматизация бизнес процесса, начиная от подачи участником ВЭД в электронной форме заявки в Министерство на получение лицензии, внутренних процессов в Министерстве, межведомственного взаимодействия с основными организациями-экспертами вошедшими в «Перечень организаций-экспертов и лицензиаров по лицензированию экспорта и импорта специфических товаров, включенных в Единый перечень товаров, к которым применяются меры нетарифного регулирования в торговле с третьими странами» утвержденного постановлением Правительства КР от 24 марта 2016 года № 142  и оформления лицензии в электронном виде, которая автоматически будет доступным в Единой автоматизированной информационной системе Государственной Таможенной службе  для осуществления таможенных операций.